Kontrole celno-skarbowe, inne niż losowe lub wynikające z przepisów prawa, powinny uwzględniać ryzyko wystąpienia nieprawidłowości oraz ustalenie i ocenę środków niezbędnych do jego ograniczania.

Wszczęcie kontroli celno-skarbowej następuje z urzędu, na podstawie upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej udzielonego kontrolującemu. Datą wszczęcia kontroli celno-skarbowej jest dzień doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej.

W przypadku podejrzenia, że nie są przestrzegane przepisy oraz okoliczności faktyczne uzasadniają niezwłoczne przeprowadzenie kontroli celno-skarbowej, jest ona wszczynana na podstawie okazywanej legitymacji służbowej z obowiązkiem doręczenia upoważnienia w trybie art. 284a § 2 ustawy Ordynacja podatkowa.

Czynności kontrolne prowadzone są w zakresie i terminie określonym w upoważnieniu do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej.
W terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej kontrolowanemu przysługuje uprawnienie do skorygowania deklaracji w zakresie objętym kontrolą.

Po zakończeniu czynności kontrolnych dokonywanych w czasie kontroli celno-skarbowej sporządza się wynik kontroli. Doręczenie wyniku kontroli kończy kontrolę celno-skarbową. W terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli kontrolowany może skorygować w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową uprzednio złożoną deklarację podatkową. W przypadku gdy organ uwzględnił złożoną przez kontrolowanego korektę deklaracji, kontrolowanemu doręcza się zawiadomienie o uwzględnieniu korekty deklaracji.

W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe, jeżeli kontrolowany nie złożył korekty deklaracji albo organ nie uwzględnił złożonej korekty deklaracji. Przekształcenie następuje z dniem doręczenia kontrolowanemu postanowienia o przekształceniu, na które nie służy zażalenie.